分子生物醫學科研m5C RNA是近年來發現的一類在tRNA及rRNA高豐度存在的甲基化修飾。利用高通量測序手段驗證了非編碼RNA以及部分mRNA中m5C廣泛存在,但是在不同物種、不同組織中m5C修飾分布圖譜尚沒有系統性報道。北京生物公司率先開展m5C RNA甲基化測序服務,采用經典重亞硫酸鹽處理的方式進行測序。在全轉錄范圍內及tRNA水平查看基因m5C甲基化修飾水平。
(m5C)RNA甲基化測序流程
m5C)RNA甲基化測序產品
優勢:
一站式服務
客戶只需提供組織、細胞、體液樣品或RNA,為您完成m5C RNA-Seq全套實驗服務。
嚴格的質控
對m5C RNA-Seq實驗每一步驟均設有關鍵質控,保證客戶得到優質數據。
專業的生物信息學分析
擁有專業的生物信息分析團隊,幫助客戶進行實驗數據的全面挖掘。
樣本要求:
樣品類型
細胞、新鮮組織或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。
樣品量
a)細胞:2×107
b)組織:100 mg
c)總RNA:4μgOD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5(無明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無明顯彌散或拖尾 )
樣品運輸與保存
樣品運輸:樣品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰運輸。
樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。
數據分析:
1、識別RNA甲基化位點
通過高通量測序和生物信息分析,識別甲基化富集的基因組區域
2、RNA甲基化位點的注釋
富集峰識別后,得到的是一堆基因組位置信息,通過生物信息分析利用最鄰近基因對富集峰進行注釋,并根據峰中點相對于已知基因的位置,將富集峰為啟動子峰、上游峰、內含子峰、外顯子峰、基因間峰
3、RNA甲基化位點在基因組中的分布
根據注釋信息,繪制富集峰在不同基因組特征上的比例圖
4、RNA甲基化位點Motif分析
RNA 上甲基化的位點,可能包含某種序列 motif。 RNA 甲基化酶可能正是通過識別這些 motif特異性進行甲基化修飾,從而完成轉錄后調控功能。我們成功識別了全基因組的 RNA 上的甲基化位點后,獲取序列就能使用生物信息學的手段來搜索這些 motif,從而揭示 RNA甲基化修飾的機制
5、差異RNA甲基化位點的識別與注釋
使用meRanCompare軟件識別兩個/組樣品間的差異甲基化位點,以FDR<0.01作為閾值,具體的以測序報告為準。 識別樣本間的差異甲基化區,發現與特定表型或疾病相關的甲基化區域
6、差異RNA甲基化位點的GO Gene Ontology與信號通路分析
對差異甲基化基因進行功能分類,并發現顯著性富集的功能條目
案例分析:
案例1 Cell Research:m5C RNA甲基化調控mRNA出核新機制
近期中科院汪海林等研究團隊在Cell Research(IF:15.606)發表文章,揭示了m5C修飾在mRNA的分布圖譜規律及其對調控mRNA出核作用新機制。研究人員建立了改進的RNA m5C單堿基分辨率高通量測序與生物信息分析技術,以此揭示mRNA m5C的分布規律,并繪制了精細的m5C修飾圖譜,發現m5C在mRNA的翻譯起始位點下游有顯著富集,并且主要分布于CG富集區域。通過分析對比人和小鼠不同組織,發現m5C在mRNA上的分布特征在哺乳動物中十分保守,而在不同組織中修飾的基因具有特異性。研究團隊同時發現,在小鼠睪丸發育過程中,動態的m5C修飾基因顯著富集于精子發育相關功能,提示m5C修飾參與生殖發育調控。
圖注:mRNA中m5C的分布規律及組織特異性表達
案例2 Genome Biology:m5C RNA甲基化基因組分布圖譜
Genome Biology近期刊登了解析RNA m5C在不同組織細胞的分布圖譜相關文章。研究人員選取小鼠胚胎干細胞(ESC)和腦組織(n=3)作為實驗樣本,利用重亞硫酸鹽測序(RNA Bis-seq)技術對兩組樣本中的總RNA和胞核RNA進行檢測。結果表明,ESC中總RNA 5mC的分布頻率比腦組織的分布頻率更高。研究人員將m5C位點和不同的基因組區域(CDS, 5’-UTR, 3’-UTR等)進行了關聯分析。結果表明,總RNA中m5C位點更傾向于分布在轉錄起始位點。腦組織和ESC中,3’-UTR區m5C的分布區別很大,這暗示著3’-UTR區的RNA m5C修飾可能與細胞功能和細胞類型密切相關。
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可提供整體生物醫學科研課題實驗項目外包實驗代做技術服務內容:
+ 分子生物學整體課題實驗外包代做服務
+ 細胞生物學整體課題實驗外包代做服務
+ 病理學整體課題動物實驗外包代做服務
+ 病毒學整體課題動物實驗外包代做服務
+ 蛋白質與多肽整體課題實驗外包代做服務
+ 各類芯片整體課題實驗外包代做服務
+ 文庫構建整體課題實驗外包代做服務
+ SNP及基因檢測(基因掃描)整體課題實驗外包代做服務
+ 科研項目橫向合作整體課題實驗外包代做服務
+ 轉基因動物模型建立構建制備技術服務
+ 基因敲除(敲入)/模型制備服務整體課題實驗外包代做服務
+ 原代培養整體課題實驗外包代做服務
+ 生物醫學動物整體課題實驗外包代做服務
+ SCI文章服務
+ Talen/Cas9
+ MicroRN、lnc RNA、cirRNA系列研究
+ 課題、生物醫學動物實驗項目整體外包
+ 臨床醫生全程式科研服務
+ 實驗指導
+ 國自然基金課題申請
實驗外包項目名稱
實驗外包分項名稱
包埋、制片(前處理)實驗外包技術服務
組織石蠟包埋實驗外包服務
細胞石蠟包埋實驗外包服務
組織芯片蠟塊制作實驗外包服務
石蠟切片實驗外包服務
組織芯片切片實驗外包服務
冰凍切片實驗外包服務
骨組織脫鈣實驗外包服務
植物標本軟化實驗外包服務
染色實驗外包技術服務
HE染色實驗外包服務
番紅-固綠染色(植物)實驗外包服務
番紅-固綠染色(骨)實驗外包服務
masson染色實驗外包服務
天狼星紅染色實驗外包服務
油紅O染色(切片)實驗外包服務
油紅O染色(大體)實驗外包服務
PAS糖原染色實驗外包服務
阿利新藍染色實驗外包服務
AB-PAS染色實驗外包服務
甲苯胺藍染色實驗外包服務
尼氏染色實驗外包服務
肥大細胞染色實驗外包服務
LFB髓鞘染色實驗外包服務
普魯士藍染色實驗外包服務
鍍銀染色實驗外包服務
PASM六胺銀染色實驗外包服務
von kossa染色實驗外包服務
EVG染色實驗外包服務
VG染色實驗外包服務
間苯二酚堿性品紅染色
間苯三酚染色實驗外包服務
茜素紅染色實驗外包服務
剛果紅染色實驗外包服務
TRAP染色實驗外包服務
堿性磷酸酶染色實驗外包服務
抗酸染色實驗外包服務
富爾根染色實驗外包服務
TTC染色實驗外包服務
電鏡
透射電鏡實驗外包服務
掃描電鏡實驗外包服務
組化、熒光實驗外包技術服務
免疫組化實驗外包服務
免疫組化(芯片)
免疫熒光(單標)
免疫熒光(雙標)
ISH
原位雜交
探針設計合成
tunel
tunel
拍照、分析實驗外包技術服務
組織切片拍照(白光)
芯片拍照(白光)
拍照(激光共聚焦)
切片掃描
病理分析
組化分析
免疫印跡實驗外包技術服務
WB(普通蛋白)
WB(磷酸化蛋白)
WB(核蛋白)
IP
COIP
生化檢測實驗外包技術服務
ELISA檢測
普通生化檢測
細胞實驗外包技術服務
細胞培養
MTT實驗
細胞周期
細胞凋亡
侵襲
轉染
劃痕
DNA合成實驗外包技術服務
超短鏈引物合成
短鏈引物合成
長鏈引物合成
全基因組合成實驗外包技術服務
普通基因合成(<3000)
長片段基因合成
特殊片段基因合成
密碼子優化與基因設計實驗外包技術服務
密碼子優化與基因設計
質粒提取實驗外包技術服務
普通質粒提取
普通質粒提取
普通質粒提取
超純質粒提取
超純質粒提取
超純質粒提取
無內毒素質粒提取
無內毒素質粒提取
無內毒素質粒提取
基因檢測實驗外包技術服務
基因組DNA水平基因拷貝數檢測
轉錄組mRNA水平基因拷貝數檢測
轉錄組miRNA水平基因拷貝數檢測
單核苷酸多肽(SNP)分型服務
基因甲基化(Methylation)位點檢測服務
CDNA文庫構建
抑制性消減雜交(SSH)
southern blot印跡雜交實驗外包技術服務
基因組DNA提取
DNA探針設計合成
DIG探針標記
southern blot檢測
重復雜交
northern blot實驗外包技術服務
RNA提取
DNA探針設計合成
DIG探針標記
northern blot檢測
核酸提取實驗外包技術服務
RNA提取
DNA提取
siRNA/miRNA載體構建實驗外包技術服務
shRNA表達載體構建
mirshRNA表達載體構建
micoRNA表達載體構建
miRNA抑制劑表達載體構建
mRNA定量PCR實驗
樣品提取+反轉錄
PCR
引物設計合成
miRNA定量PCR實驗外包技術服務
樣品提取+反轉錄
PCR
引物設計合成
lncRNA定量PCR實驗外包技術服務
樣品提取+反轉錄
PCR
引物設計合成
WB實驗外包技術服務
客戶提供一抗(一抗要求鼠 兔 山羊來源,其他來源一抗需客戶自備二抗和顯色液)
不提供一抗
明膠酶譜實驗外包技術服務
8個樣品內
普通包埋(石蠟)
經固定后的組織
特殊包埋實驗外包技術服務
細胞、眼球、材料等
石蠟切片實驗外包技術服務
蠟頭
櫻花包埋(冰凍)
新鮮組織
冰凍切片實驗外包技術服務
固定組織、新鮮組織
芯片切片實驗外包技術服務
蠟頭
脫鈣實驗外包技術服務
固定后的組織
軟化實驗外包技術服務
植物樣品
HE染色實驗外包技術服務
石蠟切片
masson染色實驗外包技術服務
石蠟切片
油紅O染色實驗外包技術服務
冰凍切片
天狼猩紅染色實驗外包技術服務
石蠟切片
PAS染色實驗外包技術服務
石蠟切片
AB-PAS染色實驗外包技術服務
石蠟切片
番紅-固綠染色(植物)實驗外包技術服務
石蠟切片
番紅-固綠染色(軟骨)實驗外包技術服務
石蠟切片
阿利新藍染色實驗外包技術服務
石蠟切片
甲苯胺藍染色實驗外包技術服務
石蠟切片
LFB染色實驗外包技術服務
石蠟切片
普魯士藍染色
石蠟切片
TRAP染色
石蠟切片
VG染色
石蠟切片
EVG染色實驗外包技術服務
石蠟切片
EVG染色實驗外包技術服務
石蠟切片
von kossa實驗外包技術服務
石蠟切片
茜素紅實驗外包技術服務
石蠟切片
尼氏染色實驗外包技術服務
石蠟切片
TTC染色實驗外包技術服務
新鮮組織塊
免疫組化-實驗染色實驗外包技術服務
切片、爬片
抗體使用費
免疫組化(芯片)-實驗外包技術服務
切片
免疫熒光(單標)-實驗外包技術服務
切片、爬片
免疫熒光(雙標)-實驗外包技術服務
切片、爬片
Tunel--實驗實驗外包技術服務
切片、滴片
Tunel試劑
采圖
白光拍照實驗外包技術服務
染好的片子
天狼星紅偏振光拍照實驗外包技術服務
染好的片子
熒光拍照(單標)實驗外包技術服務
免疫熒光(單標)片子
熒光拍照(雙標)實驗外包技術服務
免疫熒光(雙標)片子
共聚焦拍照實驗外包技術服務
免疫熒光片子
細胞培養實驗外包技術服務
細胞加藥實驗外包技術服務
細胞轉染實驗外包技術服務
普通轉染
病毒轉染
MTT細胞增殖實驗外包技術服務
96孔內
細胞劃痕實驗外包技術服務
6孔板
Transwell遷移實驗外包技術服務
Transwell侵襲實驗外包技術服務
原代細胞分離制備培養實驗外包技術服務
細胞爬片制備實驗外包技術服務
各種生化指標檢測
全自動生化儀
病理閱片服務實驗外包技術服務
由醫師簽名出具病理檢測報告
酵母雙雜交文庫構建實驗外包技術服務
抑制性差減雜交(SSH)文庫
全基因合成實驗外包技術服務
流式檢測細胞周期
客戶提供制備好的細胞
流式檢測細胞凋亡
客戶提供制備好的細胞
其它流式檢測價格
(單色檢測) ≤30份樣本,/樣本
(單色檢測) >30份樣本,/樣本
(雙色檢測) ≤30份樣本,/樣本
(雙色檢測) >30份樣本,/樣本
(三色檢測) ≤30份樣本,/樣本
(三色檢測) >30份樣本,/樣本
(四色檢測) ≤30份樣本,/樣本
(四色檢測) >30份樣本,/樣本
流式樣本處理實驗外包技術服務
組織處理成單細胞懸液,/樣
貼壁細胞消化,不含胰酶,/樣
細胞檢測前期乙醇固定細胞
流式細胞檢測開機費
病毒包裝實驗外包技術服務
過表達慢病毒
干擾慢病毒
過表達腺病毒
干擾腺病毒
過表達腺相關病毒
干擾腺相關病毒
過表達逆轉錄病毒
干擾逆轉錄病毒
病毒模板實驗外包技術服務
過表達模板
干擾模板
包毒+穩定株篩選實驗外包技術服務
fish(熒光原位雜交)
RACE
Northen blot
Southen blot
甲基化檢測
菌種鑒定
菌群鑒定
IP
CHIP(染色質共沉淀)
熒光素酶報告基因
聯系我時請說明是在分子生物醫學微生物基因肌酐血常規檢測肝功能腎功能檢測分析診斷篩查臨床醫學實驗動物模型實驗外包委托大小鼠腦室海馬腦立體定位注射慢病毒藥物細胞實驗創新藥物臨床前研究試驗毒理代謝藥理藥代動力學藥效實驗安全性評價,雙轉基因app/ps1小鼠價格優惠腫瘤疾病原位異位荷瘤小鼠動物模型建立代養小鼠代養大鼠實驗動物寄養服務看到的,謝謝!